伴隨著世貿組織的加入，食品生產企業面臨各種機遇和挑戰，表面繁華的食品行業背后暴露出諸多不可回避的問題，間接或直接的影響到了食品生產企業的質量管理和自身形象。目前，食品生產企業出現的主要問題大匯總：

1、質量管理體系監管有效性缺失。許多企業未根據自身的實際建立質量管理體系，導致僅有符合性，而缺乏有效性、適宜性。比如，某食品生產企業通過了HACCP認證，但未能達到持續改進的要求。

2、企業人力資源匱乏。許多中小型食品生產企業一方面缺乏管理和技術人員，同時由于企業文化程度過低，管理理念不能持續更新，導致企業管理水平落后。另一方面，生產一線員工素質普遍過低，造成原輔材料的浪費，質量把控不嚴，給企業造成不必要的損失，很多年輕員工在企業中只是為了獲得工作經驗，對企業沒有歸屬感，使得
企業難以留住人才。

3、檢驗風險。對于食品生產企業來說，產品出廠檢驗階段至關重要，但是，很多食品生產企業為了將產品投入市場，盡快搶占市場份額，在產品檢驗階段敷衍了事，只進行簡單的產品外觀、規格等檢測。這種不負責任的態度既不能使產品的質量得到保障，而且對消費者的安全極為不負責任。